150年后，到了明萬歷24年（公元1596年），明神宗皇帝朱翊鈞派知州孫鶴年到歸州任職。孫鶴年一到歸州，首先拜謁了清烈公廟，看見年久失修，幾近敗落的祠宇，“惻然憫焉，思與修之”。當(dāng)了解到歸州“地瘠民貧，財力無力”之后，決定自己省吃儉用，降低州府的財政支出，積累修祠之資。經(jīng)過一年多的積累，加上秭歸鄉(xiāng)紳富戶的捐資，總算可以開工了。為了使這一年多才攢到的資費能完整地用在維修工程上，孫鶴年請來當(dāng)?shù)睾苡忻拈L者王一正。王一正見知州這樣認(rèn)真，當(dāng)然也就十分負(fù)責(zé)，不敢馬虎。施工中基本上是在保持原貌的基礎(chǔ)上，見爛修爛。經(jīng)過三個月的維修，祠宇煥然一新，孫鶴年便將清烈公廟改為“三閭大夫祠”。時逢應(yīng)天府（南京）巡撫龔文選到云貴川去視察，乘船路過秭歸，專程拜謁三閭大夫祠，看見剛剛維修一新的祠宇，高興之余作了八首五言絕句以緬懷之，其中有一首這樣寫道：一生抱鯁骨/九死等鴻毛/獨恨娥眉妒/汨羅涌怒濤/后來將這八首詩刻上石碑立于祠內(nèi)。九年后，歸州學(xué)政胡穩(wěn)作了一篇《重修三閭大夫祠記》，并勒石供考。上述兩塊石刻至今仍存于屈原祠內(nèi)。
在清朝的255年多的時間，曾四度維修屈原祠。清康熙8年（公元1669年），歸州知州王景陽拜謁屈原祠時,見祠宇傾圮。不勝慨然以悲”,于是捐資建祠，施工一年后完工，將三閭大夫祠改為“屈公祠”，親撰《重修屈公祠記》。到了清雍正11年（公元1733年），湖北學(xué)政凌如煥第四次到歸州，盛贊屈原為“文章鼓吹呼六經(jīng)，憤世嫉邪，道德炳麟于千古。孤忠為國，何恤殺身成仁？九死殉君，不辭舍生取義。其在三楚，固為第一流人。歷乎九州，亦屬無雙國士?！辈⒕璩鲆恍┿y兩交由歸州府負(fù)責(zé)修繕。歷三年才完工。歸州拔貢生向治專為此作了一篇《凌學(xué)院捐修屈公祠記》以示后人。清乾隆46年（公元1781年），歸州知州王沛膏到任后，進(jìn)行了自清代以來的第三次修繕。適逢湖北學(xué)政吳省欽從施南府（今湖北恩施州）視察考試情況后，坐船順江而下，宿泊歸州屈原沱，由王沛膏陪同拜竭了屈原祠，并逗留數(shù)日，將修葺一新的屈公祠改為“楚屈左徒廟”。親自撰著了一篇《修楚屈左徒廟碑記》。第四次維修是在清嘉慶25年（公元1820年），新任歸州知州李炘對其進(jìn)行修繕，屈原塑像“依唐沈亞之外傳（即屈原外傳）所云：瘦細(xì)美髯，長九尺”仿制，其冠裳則按“周上卿大夫之制”配飾。將楚屈左徒廟更名為“楚左徒屈大夫祠”。親自撰寫《重修楚左徒屈大夫祠記》。清代進(jìn)行的四次修繕，基本上采用了保持原樣，見爛補(bǔ)爛，整舊如新的原則。
清末至民國期間的百余年，由于戰(zhàn)亂之故，加之日本飛機(jī)的轟炸，屈原祠成了進(jìn)出川江的路人寄宿之所。災(zāi)荒、匪患、兵亂，使屈原祠幾乎面目全非，禿廢不堪的樣子。
中華人民共和國成立以后，秭歸縣地方政府和人民在上級的關(guān)懷下，1963年和1965年兩次對屈原祠進(jìn)行了簡單維修，但仍保持了原樣。二十世紀(jì)七十年代，國家要在宜昌南津關(guān)修建葛洲壩水利樞紐工程，煙囪廢熱回收座落在屈原沱的屈原祠與庫區(qū)人民一樣，成了移民戶。1977年2月，由國家撥款，地方政府負(fù)責(zé)，將屈原祠遷建到歸州城東3里的向家坪。1982年建成，并更名為“屈原祠”。當(dāng)年湖北省人民政府將屈原祠定為省級重點文物保護(hù)單位。遷建后的屈原祠從占地面積、建筑規(guī)模、設(shè)施布局都比原來的要大。新祠建好后，更顯得宏偉壯觀，氣勢磅礴，鍋爐余熱回收每年都吸引了大量的中外游客、文人墨客、仁人志士、政界要員前來拜謁參觀。
1992年2月，中共中央政治局委員、國務(wù)委員李鐵映到秭歸考察，拜謁了屈原祠。當(dāng)縣領(lǐng)導(dǎo)匯報由于三峽大壩的興建水晶工藝品，屈原祠又要搬遷的情況后，李鐵映風(fēng)趣的說：“屈原大夫也成了老移民戶了?！辈⒁髮碓谛驴h城建一座更好的絲帶繡屈原祠。1997年，中共中央政治局委員、國務(wù)院副總理吳儀視察秭歸時，在屈原祠聽取了匯報后說：“這個老移民（屈原）雖然不會向你們提出苛刻要求，但你們一定要把他安排好，三峽工程是世界級工程，屈原是世界名人，秭歸要充分利用好這兩個世界級的牌子，發(fā)展旅游事業(yè)，新縣城離三峽大壩很近，將來是發(fā)展旅游的好地方。
由于受到三峽庫區(qū)水位的影響，國家對屈原祠、張飛廟、白鶴梁、石寶寨四處古文物建筑的遷建列為計劃單列項目。秭歸屈原祠的遷建成為湖北省古文物遷建的最大工程項目。在黨中央、國務(wù)院和省政府的關(guān)懷下，秭歸縣政府初步議定屈原祠的搬遷遵循“原規(guī)模、原標(biāo)準(zhǔn)、原功能”的原則思路制定建設(shè)規(guī)劃。
到2004年，義烏信息網(wǎng)組成專家組，會同省文物局、省移民局、秭歸縣政府進(jìn)行研究后，決定屈原祠的搬遷工作由省文物局負(fù)責(zé)設(shè)計施工，可行性方案于6月底經(jīng)省政府組織評審后，呈報國務(wù)院。2005年，國務(wù)院指示國家“三建委”正式行文，下達(dá)遷建計劃：總體方案選址在茅坪鳳凰山，占地30畝，建筑面積5900平方米，總投資4700萬元人民幣，由湖北省文物局負(fù)責(zé)建成后交由地方政府管理。鳳凰山的總體規(guī)劃由秭歸縣政府負(fù)責(zé)完成。（經(jīng)過多次設(shè)計，論證，屈原祠的遷建在原來的基礎(chǔ)上是檔次提高、規(guī)模擴(kuò)大，投資增加。秭歸縣政府為了配合屈原祠的遷建，已提前在屈原祠山門前的江邊，筑起了萬余平方米的廣場。）建成后的屈原祠將和鳳凰山古民居一同形成三峽大壩庫首最大的風(fēng)景區(qū)，也將成為秭歸縣移民遷建工作中的標(biāo)志性工程。2006年國務(wù)院公布：秭歸縣鳳凰山古民居群、屈原祠為第六批國家重點文物保護(hù)單位。
