十三大的突出貢獻，是比較系統地闡述了關于社會主義初級階段的理論，完整地概括了黨在社會主義初級階段的基本路線。大會指出:正確認識我國社會現在所處的歷史階段，是建設有中國特色的社會主義的首要問題，是我們制定和執行正確的路線和政策的基本依據。我國處在社會主義初級階段包括兩層含義:第一，我國社會已經是社會主義社會；我們必須堅持而不能離開社會主義；第二，我國的社會主義社會還處在初級階段，我們必須從這個實際出發，而不能超越這個階段。這是我國在生產力落后、商品經濟不發達條件下建設社會主義必然要經歷的特定階段，從生產資料私有制的社會主義改造基本完成，到社會主義現代化的基本實現，至少需要上百年時間，都屬于這個階段。在社會主義初級階段中，主要矛盾是人民日益增長的物質文化需要同落后的社會生產之間的矛盾。階級斗爭在一定范圍內還會存在，但不是主要矛盾。黨和國家的主要任務是發展生產力，推進社會主義現代化建設。黨在社會主義初級階段的基本路線是:領導和團結全國各族人民，以經濟建設為中心，堅持四項基本原則，堅持改革開放，自力更生，艱苦創業，為把我國建設成為富強、民主、文明的社會主義現代化國家而奮斗。
社會主義初級階段理論的提出，為建設有中國特色的社會主義事業提供了有力的思想武器，是中國共產黨人對科學社會主義理論的又一重大貢獻。
根據鄧小平提出的設想，大會確定了經濟發展三步走的戰略部署:第一步，實現國民生產總值比1980年翻一番，解決人民的溫飽問題；第二步，到二十世紀末，使國民生產總值再增長一倍，人民生活達到小康水平；第三步，到二十一世紀中葉，人均國民生產總值達到中等發達國家水平，人民生活比較富裕，基本實現現代化。
大會對十二屆三中全會提出的公有制基礎上有計劃的商品經濟體制作了進一步闡述，指出:社會主義有計劃商品經濟的體制，應該是計劃與市場內在統一的體制。社會主義商品經濟同資本主義商品經濟的本質區別，在于所有制基礎不同。計劃和市場的作用范圍都是覆蓋全社會的。新的經濟運行機制，總體上來說應當是國家調節市場，市場引導企業。
大會還提出了進行政治體制改革的任務，指出:政治體制改革的長遠目標，是建立高度民主、法制完備、富有效率、充滿活力的社會主義政治體制；改革的近期目標，是建立有利于提高效率、增強活力和調動各方面積極性的領導體制。
黨的十三大高度評價十一屆三中全會以來開辟建設有中國特色社會主義道路的偉大意義，強調指出:這是馬克思主義與中國實踐相結合的過程中，繼找到中國新民主主義革命道路、建立新中國和社會主義基本制度，實現第一次歷史性飛躍之后的第二次歷史性飛躍。大會還對十一屆三中全會以來開辟新道路的歷史經驗作了初步概括，并從我國社會主義建設的階段、任務、動力、條件、布局和國際環境等方面，對改革開放和現代化建設實踐中形成和發展的一系列科學理論觀點作了歸納，從而使建設有中國特色社會主義理論有了比較清晰的輪廓。
黨的十三屆一中全會選舉趙紫陽、李鵬、喬石、胡啟立、姚依林為中央政治局常委，趙紫陽為中央委員會總書記；決定鄧小平為中央軍事委員會主席；批準陳云為中央顧問委員會主任，喬石為中央紀律檢查委員會書記。
1988年3月至4月舉行的七屆全國人大一次會議，選舉楊尚昆為國家主席，萬里為七屆全國人大常委會委員長；決定李鵬為國務院總理；選舉鄧小平為國家中央軍事委員會主席。
鄧小平雖然不再擔任中央政治局常委的職務，從中央領導崗位的第一線退了下來，但是他作為中國社會主義改革開放和現代化建設的總設計師，建設有中國特色社會主義理論的主要創立者，仍然以高度的歷史責任感關注著改革開放和現代化建設事業，為黨領導的建設有中國特色社會主義事業的繼續發展發揮著指導作用。
四、經濟上的治理整頓和經受國內外政治風波的考驗
十三大后，黨領導全國人民沿著有中國特色社會主義道路繼續前進，努力實現社會穩定和經濟發展。1984年到1988年，我國經濟經歷了一個加速發展的飛躍時期。國民生產總值從7171億元增加到14928億元；國家財政收入從1642.86億元增加到2357.24億元；社會商品零售總額從3376.4億元增加到7440億元。外貿進出口總額從535.5億美元增加到1027.9億美元；實際利用外資從27.05億美元增加到102.26億美元。展現了農業和工業、農村和城市、改革和發展相互促進的生動局面，整個國民經濟提高到一個新水平。
在加速發展過程中，也出現了一些問題。這主要是物價波動較大，通貨膨脹加劇，重復建設嚴重，經濟發展過熱。1984年到1988年國民收入只增長70%，而全社會固定資產投資增長214%，城鄉居民貨幣收入增長200%，投資和消費的增長與國民收入增長的比例嚴重失調。1988年夏季，在經濟秩序特別是流通秩序的混亂狀況沒有得到扭轉的情況下，中央宣布放開大部分商品價格，實行價格改革“闖關”。但這一決策未能充分考慮國家、企業和群眾的承受能力，結果誘發全國性搶購風潮，影響了社會的安定。為扭轉嚴峻的經濟形勢，1988年9月，黨的十三屆三中全會決定，用一段時間治理經濟環境、整頓經濟秩序，扭轉物價上漲幅度過大的態勢，創造理順價格的條件，更好地推進改革和建設。根據這一決定，國務院相繼采取一系列治理整頓的措施，壓縮投資和消費需求，加強對物價的調控和管理，整頓經濟生活特別是流通領域中的各種混亂現象。經過一年左右的治理整頓，取得初步效果，一度過旺的社會需求開始得到控制，過高的工業生產速度有所回落。
正當治理整頓工作需要進一步推進，以解決一些深層次問題時，改革開放和經濟建設的進程卻受到嚴重干擾。
長期以來，一些西方國家的政治勢力有計劃地通過種種渠道對社會主義國家進行思想、政治滲透，竭力支持和扶植各種反共反社會主義活動。八十年代末，東歐一些社會主義國家開始出現動蕩。西方敵對勢力加緊推行和平演變戰略，通過多種渠道對中國施加影響，使國內搞資產階級自由化的人受到鼓舞。由于在一段時間里，黨內少數領導同志在推進改革開放，大力發展經濟的同時，對堅持四項基本原則缺乏一貫性，忽視黨的自身建設和社會主義精神文明建設，思想政治工作受到削弱，少數干部中滋生了相當嚴重的腐敗現象，損害了黨在群眾中的威信和社會主義在人們心目中的形象。致使一度收斂的資產階級自由化思潮再度泛濫。1989年春夏，極少數反共反社會主義分子利用黨在工作中的失誤和人民群眾對物價上漲，特別是對一些干部中腐敗現象的不滿情緒，進行煽動反對共產黨的領導、反對社會主義制度的活動。他們借群眾悼念胡耀邦逝世這件事，大肆散布謠言，掀起一場有計劃、有組織、有預謀的政治動亂，并在北京地區煽動一些不明真相的人占據天安門廣場，沖擊黨政首腦要害部門，制造反革命暴亂。在關系黨和國家生死存亡的關鍵時刻，黨中央總書記趙紫陽犯了支持動亂和分裂黨的嚴重錯誤。中央政治局在鄧小平和其他老一輩革命家堅決有力的支持下，依靠人民，旗幟鮮明地反對動亂，并采取果斷措施，在6月4日一舉平息反革命暴亂，捍衛了社會主義國家政權，維護了人民的根本利益。
