2004年8月，縣城個(gè)別基督教徒受他人指使，擾亂基督教堂正常宗教活動(dòng)，蠱惑不明真相的群眾上訪，企圖排擠教堂長(zhǎng)老，占領(lǐng)講經(jīng)壇。馬學(xué)智及時(shí)組織有關(guān)部門進(jìn)行調(diào)查研究，依法對(duì)鬧事人員進(jìn)行了治安處罰，旗幟鮮明地保護(hù)了愛國(guó)宗教人士，使問題解決在了萌芽狀態(tài)。 2008年3月14日，西藏拉薩發(fā)生打砸搶燒暴力事件后，他立即深入三臺(tái)喇嘛廟，向宗教人士通報(bào)拉薩等地打砸搶燒事件的真相，并召開堅(jiān)決反對(duì)達(dá)賴集團(tuán)破壞祖國(guó)統(tǒng)一罪行座談會(huì)，進(jìn)行形勢(shì)和愛國(guó)主義教育，他組織宗教人士和信教群眾認(rèn)真學(xué)習(xí)《國(guó)務(wù)院宗教事務(wù)條例》，按照“保護(hù)合法，制止非法，抵御滲透，打擊犯罪”的方針，了解情況，化解矛盾，掌握了工作主動(dòng)權(quán)，沒有引起教民思想波動(dòng)。
廣交、深交朋友，是馬學(xué)智做好統(tǒng)戰(zhàn)工作的“法寶”。一年中，他有三分之二的時(shí)間在走訪宗教界人士、黨外知識(shí)分子、臺(tái)胞臺(tái)屬及歸僑僑眷等統(tǒng)一戰(zhàn)線各界人士，了解他們的心聲、關(guān)心他們的生活、幫助解決他們的困難，和他們建立了深厚的感情。
1999年初，老臺(tái)鄉(xiāng)南門村臺(tái)屬崔光平家的22只羊、1頭牛突然中毒死亡，使本來(lái)生活就很困難的崔光平家雪上加霜。打算向臺(tái)灣的哥哥求援。馬學(xué)智了解到這一情況后積極協(xié)調(diào)資金，在春節(jié)前將5000元現(xiàn)金送到了崔光平家里，崔光平一家感動(dòng)得熱淚盈眶，給贈(zèng)送了一面錦旗。
縣新民農(nóng)機(jī)制造廠原先只是三臺(tái)鎮(zhèn)的一個(gè)小手工作坊，馬學(xué)智考慮小型農(nóng)機(jī)具適合新疆農(nóng)牧區(qū)的生產(chǎn)力水平，發(fā)展前途大，鼓勵(lì)廠長(zhǎng)王新民不能滿足于小打小鬧，要開發(fā)新產(chǎn)品，擴(kuò)大生產(chǎn)規(guī)模，他推薦王新民當(dāng)了縣政協(xié)委員、縣工商聯(lián)副會(huì)長(zhǎng)。在馬學(xué)智的鼓勵(lì)和支持下，2001年，王新民把制造廠搬到了縣城。
后來(lái)，王新民發(fā)明了土豆施肥點(diǎn)播機(jī)、土豆收獲機(jī)等11項(xiàng)專利，研制的小型農(nóng)機(jī)具遠(yuǎn)銷天山南北，年產(chǎn)值達(dá)到了500多萬(wàn)元。王新民在接受記者采訪時(shí)說：“沒有馬部長(zhǎng)幫助，就沒有我王新民和新民農(nóng)機(jī)制造廠的今天。” 今年元月份，六戶地村老阿訇丁學(xué)義的老伴身患腦瘤，馬學(xué)智上門看望時(shí)，得知丁阿訇給老伴看病已花去7萬(wàn)多元，經(jīng)濟(jì)上已很困難，馬學(xué)智聯(lián)系讓住進(jìn)了縣醫(yī)院，他又給想辦法籌集資金4000元，借款2000元，讓病人住院治療，丁阿訇感動(dòng)地流下了眼淚。三臺(tái)喇嘛廟是昌吉州唯一的藏傳佛教寺廟，每年登門看望喇嘛已成了馬學(xué)智的習(xí)慣。
1997年冬天在看望喇嘛途中，因山路崎嶇雪滑難行，212吉普車失控他受了傷，但這并沒有動(dòng)搖他每年看望喇嘛的決心，2002年10月，一位年近九旬德高望重的老喇嘛病危。聽到消息后，馬學(xué)智立即驅(qū)車到偏僻山區(qū)看望。看到部長(zhǎng)來(lái)了，臨終的老喇嘛在床上一句話也說不出，比劃著讓兒子拿來(lái)一條潔白的哈達(dá)，用顫抖的雙手將哈達(dá)獻(xiàn)給了令他尊敬的縣委統(tǒng)戰(zhàn)部部長(zhǎng)。
事隔多年，馬學(xué)智一回憶起這段往事，還會(huì)禁不住流淚。他告訴記者：“真心換真情，這些愛國(guó)宗教人士，你把他們當(dāng)朋友，他們就會(huì)把你當(dāng)親人；你付出得多，得到的感動(dòng)就多。近年來(lái)，每年“七一”建黨節(jié),少數(shù)民族過年他都要帶領(lǐng)政協(xié)機(jī)關(guān)和統(tǒng)戰(zhàn)部的黨員干部到民族村過組織生活和慰問貧困戶，通過座談了解，他幫助蘆草嘴子、哈家灣、東臺(tái)子等民族村辦了許多實(shí)事、好事。2008年?duì)幦№?xiàng)目資金，為烏孜別克族聚居的東臺(tái)子村修了公路、文化室，還改造12戶村民危房，2009年他又積極爭(zhēng)取項(xiàng)目資金準(zhǔn)備為這個(gè)村鋪瀝青路面，修養(yǎng)殖小區(qū)，發(fā)展畜牧養(yǎng)殖業(yè)生產(chǎn)，受到了當(dāng)?shù)厝罕姷囊恢路Q贊。工作中也發(fā)生過值得總結(jié)的經(jīng)驗(yàn)和教訓(xùn)。大有鄉(xiāng)廣泉回族清真寺有信教群眾近千人。
