2000年2月，有關部門因違背大多數信教群眾的意愿，硬行給這個寺院送阿訇，造成大量信教群眾上訪，擾亂了正常宗教活動和社會秩序。為維護這個地區的穩定，他組織有關人員深入基層進行調查了解，對個別合謀參與鬧事者依法進行了嚴肅處理，有效遏制打擊了宗教宗派極端勢力和少數人的無政府行為。
這個問題的嚴肅處理使全縣信教群眾、宗教人士受到了深刻教育。他們認識到無論信仰哪一種宗教，都必須遵守國家法律法規，都必須接受政府的依法管理，有意見要逐級反映，不能拉幫結派鬧事，通過這個事例，縣有關部門也吸取了深刻教訓。
馬學智自擔任統戰部部長以來，提出、制定和實施了統戰民族宗教工作目標管理責任制，從組織建設、思想建設、工作任務完成情況，三個方面對統戰民族宗教工作進行量化考核，營造了全社會重視統戰民族宗教工作的良好氛圍。在統戰部的直接領導下，這個縣建立健全了縣、鄉、村三級統戰民族宗教管理網絡，破解了多年來在宗教工作中存在的“不敢管、不愿管、不會管”的難題；馬學智在宗教界開展“雙五好”評選活動的同時，還積極倡導開展每個宗教人士聯系一戶貧困戶、一名貧困生、一名輟學生的“三聯活動”，宗教場所開展政策法規進寺、科技知識進寺、致富信息進寺的的“三進寺”活動，都收到了很好的效果。為了提高宗教人士整體素質，他堅持每年對全縣宗教人士進行一次培訓，培訓班專題授課與外出參觀相結合。
2005年他帶領120多名學員到烏魯木齊市參觀自治區愛國主義教育基地八路軍駐新疆辦事處紀念館、科普教育基地新疆地質礦產博物館、新疆沙海綠珠海洋世界和新疆國際大巴扎。2006年組織學員參觀了國家重點水利工程阜康500水庫和準東五彩灣工業園區、北庭工業園規劃建設和吉木薩爾縣城市建設，使宗教人士開闊了眼界，增長了見識，增強了維護民族團結，社會穩定，服務經濟建設，構建和諧社會，奔小康的社會責任感。
2009年7月5日， 烏魯木齊市發生了打砸搶燒嚴重暴力事件，縣委當天晚上召開緊急會議，研究部署了維穩工作。當天晚上他就和宗教人士通了電話，第二天他和縣委書記朱發林即速到城鄉重點宗教場所、宗教人士家里、重點社區、村組去通報7.5事件真相，部署穩定工作，安排落實值班和信息報告制度，嚴防暴亂分子流竄煽動鬧事。之后，縣委統戰部和政府民宗局又聯合召開了民族團結座談會。
舉辦了宗教人士學習班，報告“7.5”事件真相，聲討“7.5”事件暴行，使全縣宗教人士，統戰干部進一步認清了熱比婭之流等“三股勢力”的反動本質，堅定了維護民族團結、社會穩定的信心和決心，并完善和落實了安全維穩措施和制度。“7.5”事件發生一個月來，他經常加班加點工作，奔波在城鄉重點地區，由于縣委、政府和統戰、民宗部門的工作做的及時，深入扎實，這個縣在團結穩定、繁榮發展等方面沒有發生任何問題，受到了區、州檢查領導的高度評價。
制度的建立和活動的開展，有效促進了全縣統戰民族宗教工作。多年來，這個縣沒有發生過民族糾紛和社會動亂，在昌吉回族自治州組織的目標管理考核中，吉木薩爾縣的統戰民族宗教工作連續五年被評為第一。
2008年，這個縣還被評為自治區民族團結模范縣，其中就有馬學智的一份功勞。俯首甘為孺子牛。27年來，為了黨的統戰事業，馬學智以飽滿的政治熱情，求真務實的工作作風和高尚的人格魅力，贏得了黨內外干部和各族群眾的稱贊，工作成績得到了州、縣黨組織的充分肯定。2004年—2008年，吉木薩爾縣連續5年被昌吉回族自治州評為統戰工作先進縣。他本人4年被評為昌吉回族自治州優秀統戰部長，3年被評為優秀縣處級干部、還被評為優秀共產黨員。2010年11月23日，在首府烏魯木齊舉行的自治區民族工作會議暨第六次民族團結進步表彰大會上，馬學智榮膺自治區第六次民族團結先進個人稱號，接受了自治區黨委書記張春賢等領導的頒獎。
來源：中國日報新疆記者站 記者毛衛華 編輯：楊鑫
